En 1914 fue nombrado director de la Escuela Nacional Preparatoria. Huyó a Estados Unidos al pretender Carranza arrestarlo por pecar de crítico. A su regreso asistió a la Convención de Aguascalientes y desempeñó el cargo de secretario de Instrucción Pública (del 7 de diciembre de 1914 al 15 de enero de 1915) durante el breve lapso de dos meses en el gabinete de Eulalio Guzmán.

Al triunfo de Carranza sobre los otros caudillos revolucionarios, Vasconcelos se desterró voluntariamente del país en 1915 y viaja a Nueva York donde vive y trabaja. Termina entonces su ensayo Pitágoras, una teoría del ritmo (1916), primer bosquejo de su losofía. Va después a Lima, Perú, como agente de las Escuelas Internacionales de Idiomas Berlitz, para regresar a México cuando se acerca el n del gobierno de Venustiano Carranza. En 1920 se entrevistó con Álvaro Obregón y ofreció su apoyo al Plan de Agua Prieta. Escribió en apoyo al golpe de estado contra Carranza. Al triunfo de la rebelión aguaprietista fue rector de la Universidad Nacional (del 9 de junio de 1920 al 12 de octubre de 1921). Adolfo de la Huerta lo designó jefe del Departamento Universitario y de Bellas Artes (del 11 de diciembre de 1920 al 11 de octubre de 1921). En este cargo impuso a la Universidad Nacional el actual escudo y el lema “Por mi raza hablará el espíritu”. Continuó en el cargo bajo la presidencia de Álvaro Obregón, quien lo designó titular de la Secretaría de Educación Pública al crearse esta dependencia (del 10 de octubre de 1921 al 2 de julio de 1924). Fue también quien patrocinó el naciente movimiento muralista. Entre quienes aceptaron el reto estaban Diego Rivera, José Clemente Orozco, David Alfaro Siqueiros, Roberto Montenegro y Jean Charlot. Después de la rma de los Tratados de Bucareli condenó el asesinato del senador Fidel Jurado y renunció a su puesto en la SEP. Fue candidato al gobierno de Oaxaca, pero fue derrotado y optó por el exilio.

En París y Madrid publicó la primera época de la revista La Antorcha (1924-1925). Regresó a México en noviembre de 1928 y, después de su fracasado intento por llegar a la presidencia del país, fue encarcelado por incitar a un levantamiento armado. Ya liberado se exilió en París, donde volvió a publicar La Antorcha. Regresó a México en 1940, y pocos años después fue nombrado director de la Biblioteca México.

La obra escrita de Vasconcelos abarca varias disciplinas del pensamiento y géneros literarios, aunque son los tres volúmenes de su autobiografía los que han resistido mejor el paso del tiempo: Ulises criollo (1936), La tormenta (1936), El desastre (1938) y, finalmente, El proconsulado (1939), donde narra la derrota política de 1929 como candidato a la presidencia de la república, cediendo a veces la pluma a Antonieta Rivas Mercado, cuyo suicidio en la catedral de Notre-Dame de París baldó la vida de Vasconcelos y cerró una edad de las pasiones mexicanas. Su obra más conocida es tal vez La raza cósmica, publicada en 1925, donde expone algunas de sus reflexiones sobre el indigenismo.

Fue profesor de la Universidad de Chicago; profesor huésped en la Facultad de Ciencias Sociales de la Universidad de La Plata, y rector de la Universidad de Sonora. Se le otorgó el grado de doctor Honoris Causa por las universidades Nacional Autónoma de México y de Puerto Rico, Chile, Guatemala y El Salvador. Fue investido como Miembro Fundador de El Colegio Nacional el 15 de mayo de 1943 y perteneció a la Academia Mexicana de la Lengua.

El licenciado José Vasconcelos murió en la ciudad de México el 30 de junio de 1959.